源头分类是分类运输和处理的前提。日本生活垃圾分类在四分类的基础上会再细分为若干子项目，每个子项目包含若干个小项目。例如东京某区将生活垃圾分为15类，并对垃圾的尺寸、打包方式进行了详细的说明。横滨市把垃圾类别细分为十类，并给市民印发长达27页的垃圾分类手册。德岛县上胜町甚至把垃圾细分到44类，并计划到2020年实现“零垃圾”的目标。
定时定点收集指定垃圾。在日本丢弃垃圾必须在规定的时间和地点进行，特定时间只收集特定垃圾。例如新宿区垃圾分类手册中规定，在爱住町每周四收集资源垃圾，每周二和周五收集易燃垃圾，每月的第二、四个周周六收集不可燃垃圾。大件垃圾则需要提前预约并支付一定的费用，废弃的家电必须支付运输及再利用的费用，如果错过了规定日期的指定时间，就只能存放垃圾到下一个允许时间再进行投放。
严格的惩罚措施与监督机制是垃圾分类管理成功的保障。在日本，违反垃圾分类规定将面临严的惩罚，乱丢弃废弃物者最多可被处以5年有期徒刑并处罚金1000万日元。此外部分地方政府要求居民实行实名制购买分类垃圾袋，垃圾袋上印有用户信息，以监督并追究乱丢弃垃圾居民的责任，邻里相互监督在日本垃圾分类中也起着重要作用。
居民负责前端分类，政府负责分类收集运输和处理
以东京23区为例，垃圾的收集和搬运是由各区的清扫事务所负责实施。收集阶段：分别规定收集的日期和区域，根据垃圾量的季节变动和地区的实际情况制定收集作业计划。搬运阶段：分类搬运，可燃垃圾收集车（小型平板车等）装载直接搬入垃圾焚烧处理厂，不可燃垃圾和大件垃圾分别搬入不可燃垃圾处理中心和大件垃圾处理破碎设施，设有中转站的区域通过小型收集车转载到大型车辆，之后进行中转运输，提供运输效率。
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